Протипоказанням до застосування бактеріофагів є підвищена чутливість до компонентів препарату.
У період вагітності та годування груддю рекомендовано перед використанням бактеріофагів проконсультуватися з лікарем.
Для ефективної фаготерапії необхідно попереднє визначення фагочутливості збудника.