Завантаження...

Доставка ліків кур'єром та службою доставки «Нова Пошта». Приймання замовлень за телефоном 0-800-307-407

Революційне програмне забезпечення PHABLES полегшує пошук нових фагів

Відповідно до нової статті в Bioinformatics, новий обчислювальний інструмент Phables може ідентифікувати та характеризувати на 49% повніші геноми фагів порівняно з існуючими інструментами ідентифікації вірусів.

«Розуміння фагів має важливе значення, оскільки вони можуть впливати на все: від здоров’я екосистем до лікування бактеріальних інфекцій у людей», — каже науковий співробітник Університету Фліндерса доктор Віджіні Маллаварачкі з лабораторії Flinders Accelerator for Microbiome Exploration (FAME).

«Традиційні методи вивчення фагів на основі даних секвенування навколишнього середовища були обмеженими, часто не в змозі повністю охопити повну генетичну інформацію про фаги. Ця неповна картина була перешкодою для повного розуміння їх ролі та впливу».

Директор лабораторії FAME, професор Роберт Едвардс, співавтор останньої статті, каже, що програмне забезпечення Phables може обчислювально реконструювати генетичний вміст фагів на основі даних секвенування середовища.

«Це знаменує значний прогрес у фаговій біоінформатиці, що дозволяє нам комп’ютерно реконструювати повні геноми фагів», — каже професор Едвардс з Науково-технічного коледжу. «Це сприятиме відкриттю нових фагів і дозволить їх лабораторну ізоляцію, що призведе до прогресу в медичному лікуванні, екологічному менеджменті та глибшому розумінні життя мікробів».

«Цей революційний інструмент не тільки покращує наше розуміння мікробного світу, але й прокладає шлях до інноваційних рішень деяких із найактуальніших проблем нашого часу в галузі охорони здоров’я та навколишнього середовища».

Phables використовує новий, більш ефективний підхід для об’єднання генетичної інформації фагів за допомогою тестів на різних наборах даних, які показують, що новий інструмент може ідентифікувати більш повні суміжні геноми фагів, ніж існуючі найсучасніші програмні засоби.

Phables має майже 9000 завантажень у різних репозиторіях програмного забезпечення. Інструмент був запущений на щорічній національній зустрічі Австралійського товариства мікробіології у 2023 році та на конференції Австралійського товариства біоінформатики та обчислювальної біології у 2023 році.

Наступного року дослідницька група Університету Фліндерса планує використовувати інструмент Phables для виявлення нових фагів і потенційного використання цих ізольованих фагів у терапії, включаючи нові варіанти лікування для людей із такими захворюваннями, як муковісцидоз і запальні захворювання кишківника.