Альфою і омегою фаготерапії є застосування з лікувальною метою виключно літичних фагів, які вбивають бактерії-мішені, а не помірних (лізогенних), які можуть вбудовувати свій геном у бактеріальну ДНК та спокійно існувати так тривалий час. До того ж помірні фаги можуть переносити гени від бактерії, що несе певні загрози, зокрема, щодо поширення генів антибіотикорезистентності. Але виявилося, що у боротьбі з патогенними бактеріями можуть бути корисними і помірні фаги, а точніше фаги, які перебувають у бактеріях-мішенях у формі профагів

Новий метод лікування отримав назву «Індукована нативна фаготерапія». Він не передбачає введення в організм людини або тварини будь-яких фагів, натомість він має «розбудити» лізогенні фаги, які зазвичай є в будь-якій бактерії у формі профагів. Нагадаємо, що профаг – це геном фага, вбудований в ДНК бактерії. Профаг є непатогенним для бактерії та може багато поколінь відтворюватися разом із бактеріальною хромосомою. Але під впливом різних факторів може відбутися індукція профага і він стане інфекційним – перетвориться на вегетативний фаг та почне розмножуватися, що призведе до лізису та загибелі бактеріальної клітини.

Читайте також: Золоті наночастинки як контролери для фагів

Нативна фаготерапія заснована на тому, що кожна бактерія, яка інфікує людський організм, вже містить у своєму геномі різні профаги. Якщо їх індукувати, вони знищать бактерію, а потім зникнуть самі, коли навколо вже не залишиться бактерій-мішеней. Для індукції профагів пропонується використання сіліконових наночастинок у фізіологічному розчині, які є носіями та передавачами певних електромагнітних сигналів, які власне й мають «розбудити» профаги в бактеріях-мішенях.

Метод було випробувано на бореліях (Borrelia spp.), до яких належить збудник хвороби Лайма, яка поширюється кліщами. 300 пацієнтів, які мали позитивний тест на один або декілька штамів борелій, протягом 5 днів отримували нативну фаготерапію, після чого у тесті на інфекцію у всіх учасників став негативним. Під час хвороби Лайма збудник може перебувати в неактивному стані (такі клітини бактерій називають персистерами), тому тест повторили через 45-60 днів після завершення нативної фаготерапії, і він також у 100% учасників був негативним. У учасників не спостерігалося побічних ефектів, елімінація борелій не супроводжувалася токсичними або алергічними реакціями.

Нативна фаготерапія, на відміну від звичайної, не потребує пошуку специфічних до конкретного збудника літичних фагів в бібліотеках або навколишньому середовищі. Метод не веде до знищення нецільових бактерій, не потребує здорової імунної системи, дозволяє знищувати бактерії в біоплівках, а також діяти на збудників у головному мозку. Щоправда, для кожного роду бактерій треба підбирати специфічні електромагнітні сигнали, здатні індукувати профаги, що мешкають в їхніх геномах.