Вчені з Великої Британії склали* найповніший на сьогодні каталог бактеріофагів, що мешкають у кишечнику людини. Вченим вдалося виявити більше 142 тис. геномів вірусів бактерій і встановити деякі їх особливості

Віруси бактерій – бактеріофаги – найчисленніші біологічні об'єкти на Землі. Вони є скрізь, де є бактерії, в тому числі, в кишечнику людини. Бактеріофаги грають важливу роль у життєдіяльності мікробних спільнот, зокрема регулюють чисельність бактерій, здійснюють горизонтальний перенос генів між бактеріями. З урахуванням важливої ​​ролі кишкової мікробіоти в функціонуванні людського організму не дивно, що не тільки кишкові бактерії, але і їхні паразити – бактеріофаги – все більше цікавлять вчених.

Нові технології високопродуктивного секвенування (встановлення нуклеотидної послідовності ДНК) дозволили вченим виявити безліч нових вірусів в кишечнику людини, в тому числі таких, які складно класифікувати згідно з таксономією, встановленою Міжнародним комітетом з таксономії вірусів (ICTV). Вчені з Інституту Сенгера і Європейського інституту біоінформатики EMBL-EBI (Великобританія) із застосуванням методів метагеноміки проаналізували* 28 060 проб кишкової мікрофлори, зібраних в 28 країнах Європи, Азії, Америки, Африки, Океанії, а також 2 898 геномів бактерій з кишечника людини. У пробах було виявлено 142 809 геномів фагів, що мешкають у кишечнику людини, причому більше половини з них раніше не були описані.

Читайте також: Бактеріофаги як компоненти пробіотиків: ефективність доведена

Найбільша різноманітність бактеріофагів виявилася характерною для бактерій типу фірмікути, до яких відносяться і лактобактерії, і клостридії, і стафілококи, і стрептококи. У зразках вчені ідентифікували представників нової чисельної фаговой клади, яку назвали губафагами (Gubaphage). Губафаги заражають грамнегативні анаеробні паличкоподібні бактерії родини Bacteroidaceae.

Вчені виявили, що фагеоми (сукупність фагових геномів у зразку, виділеному з одного організму, названа за аналогією з геномом, мікробіомом, протеомом тощо) жителів Північної Америки, Європи та Азії відрізняються від таких жителів Африки і Південної Америки. При цьому склад фагеомів корелював із деякими відмінностями в способі життя людини, наприклад, розрізнялися фагеоми міських і сільських жителів.

Автори дослідження відзначають, що зробили важливий крок на шляху дослідження людського мікробіома і ролі вірусів в його еволюції і функціонуванні.

* Camarillo-Guerrero LF, Almeida A, Rangel-Pineros G et al. Massive expansion of human gut bacteriophage diversity // Cell, 2021; 184 (4): 1098. DOI: 10.1016 / j.cell.2021.01.029